6月3日发布的《2012年南海区海洋环境状况公报》表示，2012年随着港珠澳大桥建设区域扩大和施工强度增加，施工区海水中悬浮物和石油类含量同比均略有增加，但其影响范围和强度仍符合海洋环境保护的要求，未对周边海域敏感区域产生明显影响。
中国国家海洋局南海分局当天公布了这份公告。公告表示，2012年监测结果显示，大桥施工对附近海域海水中悬浮物和石油类的含量产生一定影响，施工区局部区域悬浮物增加量符合第三类海水水质标准，石油类含量虽然有所增加，但仍符合第一类海水水质标准。海洋沉积物质量受施工影响较小，符合第二类海洋沉积物质量标准。施工期间对浮游生物影响较小；在隧道和桥墩等挖泥区域，大型底栖生物的生物量略有减少，但种群结构较稳定，未发现大桥施工对海洋生物产生明显的影响。
目前，港珠澳大桥建设已迈入全面施工阶段，2012年涉海工程包括岛隧工程、桥梁工程和珠澳口岸人工岛工程等。
根据2012年南海区海洋环境状况公报，中国南海近岸海域劣于第四类海水水质标准的海域面积较2011年略有增加。与2011年同期相比，未达到第一类海水水质标准的海域面积增加了9590平方公里：其中符合第二类、第三类和第四类水质海域面积分别增加了4530平方公里、630平方公里和2490平方公里，劣于第四类水质海域面积增加了1520平方公里。
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